Avogadro


Avogadro介紹

亞佛加厥(英語:Avogadro)是一個分子編輯軟體,是一款自由軟體,被設計用於計算化學,分子建模,生物化學,材料科學, 以及相關領域的跨平台軟體。並且提供添加外掛程式,附加元件或外掛程式的功能。其名稱是以義大利化學家亞佛加厥命名的。

特點

 
使用Avogadro繪製氯雷他定的空間填充模型。
  • 分子構造/編輯器可在Windows, Linux和Mac OS X三種平台上運作。
  • 所有的原始碼皆發佈於GNU GPL(Avogadro 2則改用3句版BSD授權條款授權)。
  • 支援多國語言,目前有翻譯成中文、法語、德語、義大利語、俄語和西班牙語(預設語言為英文)。
  • 支援多執行緒彩現和計算。
  • 外掛程式架構的開發,包括彩現、互動式工具、命令、和Python指令碼。
  • 能openbabel匯入檔案,輸入生成多種計算化學程式產生的封包、晶體和生物分子。

歷史

2007年5月17日發表了Avogadro,為第一次正式公測,也是該軟體首個發佈的版本,0.1.0版,截至2009年6月,已發布到0.9.8版,當時就已經包含了很完整的功能。

2009年6月12日,Avogadro被開源發表於Qt。6月23日,Avogadro榮獲SourceForge社區選 擇獎「院士項目」的獎項。10月23日,Avogadro改版並發布1.0正式版,並使用GNU GPLv2條款[6]。目前最新版本是1.1.1。

2013年4月11日,Avogadro專案釋出Avogadro 2的首個測試版本,其成為Open Chemistry軟體套裝的一部份,與其他兩個軟體可以一起使用,也能分開執行,使用Qt4重新編寫代碼,並加入了一系列的新功能,且改為使用3句版的BSD授權條款授權。

功能

基本功能為分子編輯,建立及構造,並可選擇週期表上任意元素,透過更改元素資料庫,甚至能添加一些新的元素,如:電子偶素與渺子偶素。另外,程式附有自動加上氫功能,能依據酸鹼值添加氫原子,並附有分子結構最適化功能,能依據價電子排斥理論或分子軌域理論進行計算分子結構。

令外有額外的分子力學、生物化學、光譜學等功能,但是要先自行準備資料庫方可使用。

程式有內附測量功能,可測得鍵角與鍵長等分子物理量,並且能找出其分子的所有異構物。

缺點

由於資料庫資料有限,因此作出的分子結構會與實際值有所誤差,因此,使用軟體作出的一些數據僅供參考,應以實際實驗為主,軟體僅作為輔助功用。

例子

 
正丙硫醇的球棒模型

例如要製作一個丙硫醇,只需現任意將三個碳連接起來,在使用內附的加上氫功能,然後在任意碳上接一個硫,最後再使用分子結構最適化,程式會依據分子力學、元素資料、電負度、孤對電子數等資訊用不同的模型計算出最接近真實的分子結構。

三個碳三個碳加上氫分子結構最適化
Three carbon.pngThree carbon add hydrogen.pngPropanethiol-Animation.gif

資料參考