朝陽科技大學 自由軟體

Chemistry Development Kit( CDK ) 是一種計算機軟件，它是一種使用 Java 編程語言編寫的庫，用於化學信息學和生物信息學。適用於Windows、Linux、Unix和macOS。它是根據GNU 寬通用公共許可證(LGPL) 2.0 分發的免費開源軟件。

歷史

CDK 由當時的Jmol和JChemPaint開發人員Christoph Steinbeck、Egon Willighagen 和 Dan Gezelter於 2000 年 9 月 27 日至 29 日在聖母大學創建，以提供通用代碼庫。第一個源代碼發佈於 2011 年 5 月 11 日。從那時起，已有 100 多人為該項目做出了貢獻，產生了一組豐富的功能，如下所示。從 2004 年到 2007 年，CDK News是該項目的通訊，所有文章都可以從公共檔案中獲得。由於捐款率不穩定，通訊被擱置。

後來，引入了單元測試、代碼質量檢查和Javadoc驗證。Rajarshi Guha 開發了一個名為 Nightly 的夜間構建系統，該系統仍在烏普薩拉大學運行。2012 年，該項目成為InChI Trust的支持，以鼓勵繼續發展。該庫使用 JNI-InChI 生成國際化學標識符(InChIs)。 2013 年 4 月，John Mayfield（né May）加入 CDK 的發布經理行列，負責開發分支。

圖書館

CDK 是一個庫，而不是用戶程序。但是，它已集成到各種環境中以使其功能可用。CDK 目前用於多種應用程序，包括編程語言R、CDK-Taverna（Taverna 工作台插件）、Bioclipse、PaDEL、和 Cinfony。外，Konstanz Information Miner ( KNIME ) 和Excel存在 CDK 擴展，稱為 LICCSS 。

2008 年，從庫中刪除了一些 GPL 許可的代碼。雖然這些代碼位獨立於主 CDK 庫，並且不涉及 copyleft，但為了減少用戶之間的混淆，ChemoJava 項目被實例化。

主要特

化學信息學

• 2D分子編輯器和生成器
• 3D幾何生成
• 介子發現
• 使用精確結構和微笑任意目標規範(SMARTS) 類似查詢語言的子結構搜索
• QSAR描述符計算
• 指紋計算，包括 ECFP 和 FCFP 指紋
• 力場計算
• 許多輸入輸出化學文件格式，包括簡化分子輸入行輸入系統(SMILES)、化學標記語言(CML) 和化學表文件(MDL)
• 結構生成器
• 國際化學品標識符支持，通過 JNI-InChI

生物信息學

• 蛋白質活性位點檢測
• 同源配體檢測
• 代謝物鑑定
• 通路數據庫
• 2D 和 3D 蛋白質描述符

一般

• Python包裝器；見 Cinfony
• Ruby wrapper
• active user community